NOUVEAUX HORIZONS DES SEQUENCAGES A TRES HAUTS DEBITS (ADN/ARN)

Métagénomique –  Métatranscriptomique – Polymorphismes – Epigénétique – Microbiote fonctionnel – Bases de données et machine learning
Mardi 15 Juin 2021
10h00 – 12h30

Les nouveaux outils de séquençage à très haut débit ont bouleversé le paysage de la génomique , de l’analyse ADN et ARN et de la biologie moléculaire en général.

Des évolutions technologiques très rapides ont permis d’appliquer ces méthodes à de petites régions ciblées, de travailler sur des séquences très longues voire à l’ensemble du génôme .

Plusieurs approches technologiques complémentaires (Sanger classique, NGS, SMRT-Long Read Sequencing, autres…) constituent une révolution dans la manière d’aborder des questions biologiques allant de l’étude de la biodiversité microbienne aux approches diagnostiques en passant par l’exploration des génomes de plantes et animaux.

Parallèlement, le séquençage à très haut débit de milliers d’échantillons a fait exploser la  quantité des données à stocker et traiter et accru la nécessité de disposer de référentiels, de nouvelles bases de données  et d’outils bioinformatiques extrêmement puissants où le rôle de l’IA est appelé à se développer.

Le webinaire abordera certains aspects (hors diagnostic médical) de ces questions, particulièrement autour de l’étude des microbiotes, mais également des points de méthodologies importants.

Diverses applications très récentes seront illustrées par les présentateurs et ouvriront le débat avec les auditeurs.

Le public visé concerne tous les scientifiques académiques et industriels intéressés par ces questions, les étudiants et ingénieurs en sciences/biotechnologies et toutes personnes intéressées par les nouvelles frontières de la biologie moléculaire appliquée à l’environnement, la santé ou la nutrition (approche « one health »).

Il ne sera pas nécessaire d’être un expert « hautement spécialisé en séquençage » pour suivre le webinaire, les orateurs se concentrant davantage sur les applications que sur les détails technologiques.

André TORDEUX

GenoScreen

Sa carrière professionnelle, au départ celle d’un universitaire, est jalonnée d’initiatives, toutes inspirées par l’envie d’entreprendre. En 1985, il crée un centre de recherche en économie régionale. Peu de temps après, il crée le premier Centre de Valorisation et de Transfert de Technologies intégré à une université, puis un cabinet Conseil pour le redressement d’entreprises en difficulté. En 2001, il créé la société GenoScreen qu’il dirige toujours aujourd’hui. Cet engagement à la direction d’une Biotech, lui vaut de siéger au Conseil du Pôle de compétitivité CNSL et d’être administrateur d’institutions qui soutiennent l’innovation et le développement industriel, comme EURASANTE, le CETI (Centre Européen des Textiles Innovants) et ADEBIOTECH.

Clémence GENTHON

INRAE Transfert

Challenges et thématiques émergentes développées dans le projet ” Séquençage Occitanie Innovation” (SeqOccIn) coordonné par INRAE

Mathieu ALMEIDA

MetaGenoPolis

Une caractérisation standardisée et à haute résolution du microbiote intestinal pour une meilleure compréhension du lien avec notre santé

 

Florence GILLAIZEAU

BioFortis Mérieux NutriSciences

Méthodes de machine learning pour la recherche de signatures taxonomiques du microbiote intestinal : application à des données issues de séquençage ciblé de régions variables des gènes de l’ARNr 16S

Florence Gillaizeau est titulaire d’une thèse de biostatistique (Université de Nantes, laboratoire SPHERE) et a plusieurs années d’expérience en recherche clinique et en épidémiologie. Elle a également fait partie de l’équipe Cochrane France (méta-analyses) et effectué un postdoctorat en tant que chercheur associé au département des sciences statistiques à l’University College London. Florence est biostatisticienne à Biofortis Mérieux NutriSciences depuis 2016. Elle participe au design, à l’implémentation et aux analyses des études cliniques et métagénomiques, ainsi qu’à différents projets de recherche et développement.  

Amélie EPERCIEUX et Bouchera DOUAH

ThermoFisher Scientific

Séquençage du SARS-COV2