NOUVEAUX HORIZONS DES SEQUENCAGES A TRES HAUTS DEBITS (ADN/ARN)

Métagénomique –  Métatranscriptomique – Polymorphismes – Epigénétique – Microbiote fonctionnel – Bases de données et machine learning
Mardi 15 Juin 2021
10h00 – 12h30

Les nouveaux outils de séquençage à très haut débit ont bouleversé le paysage de la génomique , de l’analyse ADN et ARN et de la biologie moléculaire en général.

Des évolutions technologiques très rapides ont permis d’appliquer ces méthodes à de petites régions ciblées, de travailler sur des séquences très longues voire à l’ensemble du génôme .

Plusieurs approches technologiques complémentaires (Sanger classique, NGS, SMRT-Long Read Sequencing, autres…) constituent une révolution dans la manière d’aborder des questions biologiques allant de l’étude de la biodiversité microbienne aux approches diagnostiques en passant par l’exploration des génomes de plantes et animaux.

Parallèlement, le séquençage à très haut débit de milliers d’échantillons a fait exploser la  quantité des données à stocker et traiter et accru la nécessité de disposer de référentiels, de nouvelles bases de données  et d’outils bioinformatiques extrêmement puissants où le rôle de l’IA est appelé à se développer.

Le webinaire abordera certains aspects (hors diagnostic médical) de ces questions, particulièrement autour de l’étude des microbiotes, mais également des points de méthodologies importants.

Diverses applications très récentes seront illustrées par les présentateurs et ouvriront le débat avec les auditeurs.

Le public visé concerne tous les scientifiques académiques et industriels intéressés par ces questions, les étudiants et ingénieurs en sciences/biotechnologies et toutes personnes intéressées par les nouvelles frontières de la biologie moléculaire appliquée à l’environnement, la santé ou la nutrition (approche « one health »).

Il ne sera pas nécessaire d’être un expert « hautement spécialisé en séquençage » pour suivre le webinaire, les orateurs se concentrant davantage sur les applications que sur les détails technologiques.

Téo FOURNIER

GenoScreen

Le passé, le présent et le futur de la métagénomique

Téo Fournier a réalisé une thèse en génétique des populations en 2019 (Université de Strasbourg, équipe du Pr Joseph Schacherer).

Il rejoint les équipes de GenoScreen en 2020 en tant que responsable d’exploitation. Ses principales missions consistent à assurer une veille scientifique et technologique, à développer et implémenter de nouvelles prestations de services appliquées aux technologies de séquençages à haut-débit et aux analyses bioinformatique. La mise en œuvre de ces projets de développement visent à pérenniser la compétitivité de GenoScreen dans l’écosystème génomique français avec un environnement technologique en constante évolution.

Clémence GENTHON

INRAE Transfert

Challenges et thématiques émergentes développées dans le projet ” Séquençage Occitanie Innovation” (SeqOccIn) coordonné par INRAE

Clémence GENTHON travaille depuis 10 ans sur des plateformes françaises du réseau France GENOMIQUE. Ingénieure biologiste, elle conduit des projets de développements technologiques dans le domaine du séquençage haut-débit ; et conseille la communauté scientifique sur les possibilités et limites des techniques disponibles. Depuis 2017, elle propose son expertise aux industriels via INRAE TRANSFERT et son service compétitif en génomique et bioinformatique (GeT-IT)  – sur la base des savoir-faire de la plateforme GeT-PlaGe de l’INRAe de Toulouse.

Mathieu ALMEIDA

MetaGenoPolis

Une caractérisation standardisée et à haute résolution du microbiote intestinal pour une meilleure compréhension du lien avec notre santé

 

Dr. Mathieu Almeida est un bioinformaticien expert en analyse métagénomique du microbiote digestif humain. Après avoir terminé un post-doctorat au Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland (Etats-Unis), il rejoint l’unité INRAE MetaGenoPolis à Jouy-en-Josas en tant que chargé de recherche. Il est responsable de nombreux projets multidisciplinaires, couvrant des analyses métagénomiques de large cohortes humaines, ainsi que des analyses in vitro en fermenteur et in vivo d’animaux modèles. Il est actuellement responsable de l’intégration et traitement des données bioinformatiques du projet French Gut, visant à collecter et analyser 100 000 microbiotes intestinaux, et fait partie du consortium Million Microbiome of Humans Project, visant à collecter et analyser 1 million de microbiote humain à l’horizon 2025.

Florence GILLAIZEAU

BioFortis Mérieux NutriSciences

Méthodes de machine learning pour la recherche de signatures taxonomiques du microbiote intestinal : application à des données issues de séquençage ciblé de régions variables des gènes de l’ARNr 16S

Florence Gillaizeau est titulaire d’une thèse de biostatistique (Université de Nantes, laboratoire SPHERE) et a plusieurs années d’expérience en recherche clinique et en épidémiologie. Elle a également fait partie de l’équipe Cochrane France (méta-analyses) et effectué un postdoctorat en tant que chercheur associé au département des sciences statistiques à l’University College London. Florence est biostatisticienne à Biofortis Mérieux NutriSciences depuis 2016. Elle participe au design, à l’implémentation et aux analyses des études cliniques et métagénomiques, ainsi qu’à différents projets de recherche et développement.  

Amélie EPERCIEUX et Bouchera DOUAH

ThermoFisher Scientific

Séquençage du SARS-COV2

Amélie Epercieux a plusieurs années d’expérience en laboratoire du secteur public et privé. Depuis 2017, elle a rejoint l’équipe Support chez Thermo Fisher Scientific.

Ingénieure Application spécialisée en qPCR et Séquençage, elle délivre les formations dans ces domaines et vous accompagnera elle-même ou un de ses collègues sur vos projets au niveau technique.

 

 

Bouchera DOUAH, Spécialiste Séquençage NGS France, engagée depuis 16 ans au sein de Thermo Fisher Scientific.

Expertise Life Science Thérapie & Culture Cellulaire, Bio Banking, Biologie moléculaire, ma mission accompagner les projets en séquençages NGS toutes les applications.